Ambientada durante la Segunda Guerra Mundial, la historia describe la difícil situación de un grupo de escolares británicos varados en una isla del Pacífico después que su avión fue derribado en ruta a Inglaterra. Dos de los chicos, Ralph y Piggy, descubren una caracola en la laguna cerca de la playa y la utilizan para llamar a todos los demás sobrevivientes, estableciendo un gobierno democrático simulado con Ralph como líder. Piggy sigue asesorando y dando lógica y razón a las decisiones de Ralph. Colocan en la montaña una hoguera, encendida con los lentes de los anteojos de Piggy, para llamar la atención de los buques en tránsito que acudan en su rescate, mientras se construyen refugios.
Sin embargo, el jefe del coro de la escuela, Jack, pronto se obsesiona con cazar cerdos de la isla y se olvida de la visión democrática de Ralph. Más discordia resulta en un creciente temor de una supuesta "bestia" en la isla, surgida en particular en los más jóvenes llamados "peques". Jack finalmente abandona cualquier pensamiento de ser rescatado, contento más bien con cazar y matar cerdos con su coro de niños convertidos en cazadores. Jack habla después de cambio durante las reuniones de la asamblea y, finalmente, deja el grupo para iniciar una "tribu". Otros niños abandonan poco a poco la sociedad para pasarse a su lado a excepción de Ralph, Piggy, Simón y los mellizos Samyeric (Sam y Eric). Uno por uno, estos niños son eliminados de la oposición.
Al descubrir que la bestia por la que los chicos habían estado atemorizados en la montaña es solamente el cadáver putrefacto de un piloto cuyo avión había sido derribado cerca de la isla, Simón baja corriendo la montaña para compartir esta feliz noticia. Sin embargo, los niños (incluyendo Ralph, Piggy, y Samyeric) se encuentran todos, siguiendo el ejemplo de Jack, inmersos en un ritual primitivo celebrando la matanza de un cerdo que acaban de comer y Simón llega corriendo justo en medio de este ritual. Confundiéndolo con la bestia, Simón es asesinado por las lanzas de los muchachos.
Ralph, Piggy, y Samyeric siguen resistiéndose a unirse a la tribu de Jack. Ellos tratan de aferrarse a la democracia que han creado, continúan utilizando la caracola para convocar a reunión y se esfuerzan por mantener una señal de fuego encendida en la playa. Luego Jack y sus cazadores atacan a los cuatro y roban los anteojos de Piggy para encender el fuego que necesitan para las fogatas destinadas a asar a los cerdos. Enfadado y ciego, Piggy decide ir al lugar en la isla llamado Peñón del Castillo, donde los cazadores habían establecido una base. A regañadientes, Ralph y Samyeric acordaron hacerlo y al llegar Roger los detiene en la entrada. Jack sale de la selva y comienza a luchar con Ralph, mientras Piggy permanece cerca chillando de miedo, queriendo solamente poder ver de nuevo recuperando sus anteojos. Samyeric son atrapados por los cazadores siguiendo órdenes de Jack y Roger, el segundo al mando en el grupo de Jack, hace caer una gran roca en la cabeza de Piggy, causándole la muerte y destrozando la caracola que llevaba en sus manos. Ralph queda solo y huye, no le quedan amigos que lo ayuden. Samyeric se han convertido también en cazadores y le revelan a Jack el secreto de su escondite en el bosque. La isla está en llamas y los cazadores se encaminan para matar a Ralph con sus lanzas, la única oposición a su tribu que queda, ya que incluso ahora él intenta aferrarse a sus viejas ideas democráticas.
Corriendo salvajemente y, de repente, convirtiéndose en un salvaje él mismo, Ralph apuñala con su lanza a los cazadores que lo persiguen, acorralado por todos hasta que por fin llega a la playa. Los refugios que había construido con tanto esfuerzo están en llamas y, caído finalmente en la arena con el mar delante de él y sin ningún lugar al que escapar, Ralph mira hacia arriba y ve un oficial naval. El rescate llega al fin en ayuda de los muchachos, al ver el humo del gran fuego provocado por los cazadores de Jack después que la señal de fuego de Ralph había fracasado en alertar de su presencia. Cuando el oficial expresa su desaprobación por el estado salvaje y el caos al que habían llegado los chicos, Ralph rompe en llanto. Pronto, todos los cazadores comienzan a llorar al ver a los mayores en la playa. Ralph llora por "el fin de la inocencia" y "la oscuridad del corazón del hombre".
